源头活水亭位于溯源处牌坊上游，该处山高水清，泉水常年不断。所谓“源头活水”，是朱熹生平见道之言得力之处。其水绕过公山之麓，引入半亩方塘，即为朱熹《观书有感》诗中描写之地。该亭呈四角形，石木结构，斗拱飞檐，雕刻精细，与溯源处牌坊浑然一体。后来的学者游人到尤寻访朱熹足迹，体会诗中意境，必须要到这里。

源头活水亭民国期间毁于战乱，1987年尤溪县人民政府拨款重建。亭呈四角形，石木结构，面积10.5平方米，亭高3.5米，宽2.8米。