南溪书院在尤溪县城南的公山之麓，原为邑人郑义斋馆舍。北宋宣和五年(1123年)，朱熹之父朱松任尤溪县尉，去官后寓居于此。南宋建炎四年(1130年)，朱熹在此诞生。朱熹逝世后，县令李修于嘉熙元年(1237年)捐资在此修建文公祠、韦斋祠、半亩方塘和尊道堂等建筑，祀朱家父子。宝祐元年(1253年)，宋理宗赐额“南溪书院”。元至正元年(1341年)，分建二祠，明清后屡有修缮扩建。

朱熹生平对生养他的尤溪故里，怀有深厚的赤子之情。据记载，他曾九次回到这里寻亲访友、授徒讲学，并留下了大量的墨宝铭文、手迹板联和诗词歌赋。这些给尤溪增添了深厚的文化底蕴。南溪书院现已成为闽学发源地的象征，成为后人景仰的圣地，它陶冶了一代又一代的尤溪学子，使尤溪的莘莘学子成为国家的栋梁之才，正如书画大师刘海粟先生所颂扬的“尤溪风月无今古，学海扬帆有后人”啊！