《南溪书院志》首修为明弘治十三年（1500），知县方溥主编，共三卷，已失无存。明万历二十二年，知县叶廷祥亦修一志，尤溪县不见传本。清康熙五十六年（1717），延平府通判兼尤溪县知事杨毓健曾重修，共五卷，已不传。1985年，县博物馆在进行文物普查时，于朱熹后裔朱锦堂家又发现了四卷清同治九年木刻本《南溪书院志》。

该书为木刻版宣纸印刷，字迹清楚，篇幅完整。第一卷为朱氏本源、朱熹年谱及本传；第二卷有南溪书院故迹、建置及形胜图、书院布局图、韦斋像、文公像、历代谥封、祀典和祠田；第三卷专载朱松、朱熹父子诗文；第四卷载录吟咏南溪书院的古今词翰，包括韦斋铭、韦斋记跋、韦斋记、重修南溪书院记、重修毓秀亭记、南溪书院志序、后序、诞辰祀典疏、祭朱文公文、题壁诗、谒文、联、匾额等。首为康熙御笔亲书“文山毓哲”四个红黑套印的墨迹。该志书现为朱熹后裔保存。